靜脈竇血栓的治療，主要針對基礎病因、靜脈血栓本身、對症治療。對於感染性敏感患者，足量、足療程的抗生素治療。對於嚴重脫水的患者，水電解質保持平衡。對自身免疫性的疾病，需要用激素治療。患有血液系統的疾病的患者給予相應的血液系統的治療，血黏度比較高的患者進行擴容、降低血液的黏度。

抗血栓治療主要包括抗凝，上述治療要越早越好，運用肝素、華法林等。溶栓可以用阿替普酶、尿激酶。如上述的治療無效，可以給患者進行介入治療，介入治療可以進行血管介入，靜脈內導管機械性溶栓治療和血管成形術。對症治療主要包括降顱壓、抗癲癇兩大類。