如果肝移植適應證選擇得當，多數肝移植患者術後可獲得長期生存。良性肝病、急性肝衰竭、肝硬化等導致的肝功能失代償，患者進行肝移植後，5年生存率可達70%以上，10年生存率可達50%以上，即多半患者可以生存10年以上，屬於長期存活。

如果移植前病情過於危重，部分患者可能已經出現多器官功能衰竭，或術後出現感染、嚴重的膽道或血管併發症，以及晚期肝癌患者進行肝臟移植後腫瘤較快出現復發轉移等，都可能導致肝移植患者不能長期存活。手術也可能存在相關併發症，所以嚴格把握手術適應證，是提高肝移植總體生存的主要因素。一般晚期肝癌患者不建議進行肝臟移植，部分病情過於危重的患者，術後併發症發生率較高，同時死亡率也較高。