關於手術的方法，現在臨床上大部分採取原位肝移植。原位肝移植的意思是把原來的病肝切除，在原來人體長肝臟的地方放入移植的肝臟，整個脈管系統包括門靜脈、動脈、膽管、下腔靜脈都在原位，叫做原位肝移植。

還有異位肝移植，原來的病肝不切除，另外找地方進行肝移植，膽管、血管、門脈都需要重建，而且都不在正常的解剖位置，所以異位肝移植的效果比不上原位肝移植。異位肝移植是肝移植早期發展的術式，目前臨床上已經非常少應用。現在隨著技術發展，原位肝移植的手術風險和普通的大手術沒有差別，所以臨床上99%以上的病人都是取原位肝移植。