甲胎蛋白與肝癌及多種腫瘤的發生發展密切相關，在多種腫瘤中均可表現出較高濃度，可作為多種腫瘤的陽性檢測指標，目前臨床上主要作為原發性肝癌的血清標誌物，用於原發性肝癌的診斷及療效監測。60%-70%的原發性肝癌患者，甲胎蛋白含量增高。甲胎蛋白作為原發性肝癌的治療效果評價指標之一，只要肝細胞癌瘤體經過消融治療後達到壞死，甲胎蛋白就會逐漸下降。當腫瘤完全達到壞死後，甲胎蛋白就會降至正常，所以肝癌患者術後，可根據甲胎蛋白的升降來評估病情。
如果甲胎蛋白沒有明顯下降，說明肝細胞瘤體沒有達到壞死效果，或者存在其它病灶，或者出現轉移灶。