良性甲狀腺瘤治療根據情況而定，一般引起嚴重甲亢或者惡性風險的情況，可以考慮甲狀腺腺葉部分切除。惡性甲狀腺瘤治療以手術為主，部分患者術後需要輔以藥物治療。藥物治療主要包括甲狀腺素片替代治療，如術後出現甲減患者可能需要進行甲狀腺素片終身的替代治療，此外還包括內分泌治療及靶向藥物治療。

除手術治療外，還要對患者進行健康教育和心理指導，也是疾病治療的一部分。囊性甲狀腺腺瘤可能會出現囊內出血，造成甲狀腺結節迅速增大，有引起呼吸困難和窒息的可能，需酌情進行應急就醫。所以甲狀腺瘤治療根據病理情況多以手術為主，輔以藥物和其他對症治療。