甲狀腺腫的治療方法是多種多樣的，首先要判定甲狀腺腫的原因、程度。如果甲狀腺腫是生理性的，青少年引起或者妊娠期引起，通過簡單的碘攝入量增加就能滿足要求了，不需要藥物治療更談不上手術治療。如果甲狀腺腫是良性的，但是導致功能性改變，比如甲亢比較明顯需要手術；沒有甲亢但是有明顯的外觀上的影響或者有壓迫症狀，也需要手術治療。如果這些東西都沒有，單純性的良性結節，可以觀察不需要手術治療。另外一個比較常見的現象，甲狀腺腫大跟腫瘤是相關的，要優先考慮手術治療。
甲狀腺腫大手術方式有很大差別，如果結節是侷限一側比較明顯，僅切除部分甲狀腺組織就可以了；如果比較大而且雙側都有，需要全甲狀腺切除；如果甲狀腺癌引起腫大，手術範圍不僅侷限於甲狀腺本身，可能還要做相應的淋巴結清掃等。甲狀腺是良性結節，同時也沒有功能上的改變、也沒有壓迫症狀、也不考慮有惡性變的情況，動態觀察、定期做超聲檢查就可以了。甲狀腺結節處於很緩慢的發展，甚至處於停滯狀態，不需要做任何手術干預。