腔鏡手術與傳統手術相同，而且具備比傳統手術更好的局部美觀效果。腔鏡手術與甲狀腺傳統的開放手術相同，均可能引起喉返神經損傷，患者可出現聲音嘶啞；還有喉上神經損傷，可表現為飲水嗆咳；亦有可能出現甲狀旁腺損傷，出現術後手足抽搐、低鈣表現。上述均不屬於腔鏡手術特有的併發症。

腔鏡手術併發症可表現為高碳酸血癥、皮下氣腫等，但是以上都不是主要的問題。目前我國腔鏡技術較成熟，只要腔鏡手術的適應症比較適合，均可採取此手術方式。