女性甲狀腺疾病的病因主要是取決於女性患了哪種甲狀腺疾病，臨床上女性常見的甲狀腺疾病主要包括甲亢、甲減、甲狀腺腫、甲狀腺炎症以及甲狀腺結節。

女性甲亢最常見的原因是毒性瀰漫性甲狀腺腫，也就是Graves病；女性甲減最常見的原因是自身免疫性甲狀腺疾病所導致的甲狀腺功能減退；出現甲狀腺腫，如果甲狀腺功能正常，稱之為單純性甲狀腺腫。單純性甲狀腺腫主要是因為環境和遺傳因素所導致，比如碘過少或碘過量，都可以導致甲狀腺腫；甲狀腺炎症分為以急性、亞急性和慢性甲狀腺炎，通常急性、亞急性甲狀腺炎症、由感染所導致的慢性甲狀腺炎，多數由於自身免疫性的疾病所導致；甲狀腺結節的病因目前並不是特別清楚。