甲狀腺自身抗體指由於身體自身免疫系統失調產生的針對甲狀腺某些成分的免疫球蛋白，這種抗體可以對甲狀腺造成一定破壞。一般情況下，甲狀腺自身抗體升高提示自身免疫性甲狀腺疾病。甲狀腺自身抗體種類較多，最常見兩大類，一類是針對甲狀腺細胞膜促甲狀腺激素受體的抗體，稱為TSH受體抗體，包括對甲狀腺起刺激作用的抗體TS-Ab和起抑制作用的抗體TB-Ab兩大類。其中TS-Ab的臨床價值更大，升高的TS-Ab提示有自身免疫性甲狀腺機能亢進症，是Graves病診斷的重要指標。Graves病治療後，如果仍然有較高水平的TS-Ab提示停藥以後的複發率高。

另一類抗體是針對甲狀腺細胞內容物甲狀腺球蛋白和過氧化物酶的抗體，稱為甲狀腺球蛋白抗體TG-Ab和過氧化物酶抗體TPO-Ab。其與慢性淋巴細胞性甲狀腺炎、橋本甲狀腺炎發病有密切關係，同時持續升高的TG-Ab和TPO-Ab提示日後發生甲狀腺功能減退的風險增加。但是非特異性甲狀腺損傷、甲狀腺腫和甲狀腺癌等多種甲狀腺疾病中，甚至少數健康人群中也能測到TG-Ab和TPO-Ab輕度升高，因此臨床意義比較複雜。如果抗體水平升高，必須請臨床醫生結合臨床症狀、臨床表現或者其它實驗室檢查進行綜合判斷。