通常直徑＞2cm的胃間質瘤是手術指徵，對於較小間質瘤，如＜2cm，通常可以觀察。但對於小間質瘤，如＜2cm的間質瘤，在具有一些高危因素情況下，比如在超聲下發現存在一些惡性風險，包括邊界不規則、有囊性變或有密度不均等情況，也需進行手術治療。

胃間質瘤與胃癌不同，胃癌在胃黏膜生長，胃間質瘤在胃黏膜與胃外的胃壁之間生長，由胃內部胃壁之間一種間質細胞病變而來，惡性度會隨著腫瘤增大而增加，所以直徑＞2cm的腫瘤風險相對大些，建議進行手術切除。當然手術治療除開腹方式外，也可應用腹腔鏡，但對於胃後壁小彎側及食管胃結合部腫瘤，還是需進行開腹手術。