胃間質瘤不會引起腹瀉。胃間質瘤通常並無症狀，尤其是較小的胃間質瘤，大多數患者均通過體檢方式發現。此外，部分患者也可能由於腹痛，到醫院進行腹部CT後發現，但並非間質瘤引起的腹痛。總之，較小的間質瘤通常不會有症狀，也不會引起腹瀉。

但當間質瘤逐漸長大後，會引起一些症狀，如腹脹、包塊、黑便、貧血甚至嘔血等，但通常也不會引起腹瀉。間質瘤與胃癌不同，胃癌生成於胃黏膜內，所以經常會引起腹痛、腹脹，而胃間質瘤只單純在胃壁上生長，較少引起類似胃癌的症狀。