胃間質瘤手術切除目的是根除腫瘤，如果處於早期且沒有遠處轉移，患者經過手術徹底切除一般可以治癒。手術後經過長期監測沒有復發，治癒的概率非常大。相對於胃癌或者其它腫瘤，胃間質瘤的治療效果較好。但如果胃間質瘤出現轉移，即使手術切除也是姑息性切除，治癒率可能會下降。

所以治癒胃間質瘤最關鍵、最核心的問題就是早期發現，如果早期發現時腫瘤很小，還在萌芽狀態就已經切除，治癒率非常高。因此，早期診斷、早期發現、早期治療非常重要。