胃腸間質瘤通常以胃間質瘤最為多見，胃間質瘤與胃癌的手術方式不同，胃癌要求達到胃全面清掃和胃容積達到2/3以上切除，而胃間質瘤要求完整切除。根據胃間質瘤的大小選擇切除方式，如果間質瘤較小，局部切除即可，如果胃間質瘤比較大，要根據胃癌的切除模式，切除2/3的胃容積加上清掃。

根據腫瘤的大小、核分裂象、手術和病理情況，如高危或低危狀態決定術後是否用藥。如果病體直徑小於2cm，處於低危狀態，則術後不需要服用靶向藥物，如果病體直徑5-10cm，核分裂象大於每個高位鏡下10個，處於中高危以上狀態，則術後需要服用格列衛治療。