隨著內鏡和腹腔鏡的發展，胃間質瘤手術選擇方式較多。如果直徑在2-3cm之內，可以選擇胃鏡下手術進行完整的間質瘤摘除，創傷比較小。對於5cm以上或者有癌變可能、向胃腔內生長的胃間質瘤，通過腹腔鏡手術能夠完整切除。

腹腔鏡手術多數只需做胃局部切除，就能夠得到有效治療，恢復很快。腫瘤無論通過什麼方式切除，均需進行病理檢查，一個是明確性質，另一個是進行基因檢測，以便使用靶向治療藥物格列衛進行治療。