間質瘤嚴重程度跟發病部位關係不大。間質瘤可以發生於胃任何部位，可以在賁門部、在胃底、胃體、以及在幽門部發生。而間質瘤的嚴重程度主要取決於發生的早晚。這裡面有一些指標，如腫瘤的大小、核分裂象；在病理學上可分為低危、中危和高危。
低危往往通過手術切除以後，並不需要進一步的治療；但是中危和高危的間質瘤切除以後，往往需要病人長期服用伊馬替尼等靶向藥物，防止術後的復發。
所以患者朋友應儘量做到早診斷、早發現、早治療。如果有較小的間質瘤，能夠在內鏡下切除，因此不需要開刀手術；如果存在一些較大的間質瘤，也能夠通過手術切除。