由於胃平滑肌瘤與平滑肌肉瘤鑑別較為困難，而平滑肌瘤又可以發生惡性變，所以應予以處理。對單發有蒂的，瘤體直徑＜2cm的平滑肌瘤，可經內鏡電切術；對於多發無蒂直徑＞2cm，或有出現出血、梗阻等症狀，或內鏡活檢、穿刺活檢提示有惡變者，應給予腹腔鏡下或剖腹手術切除。處置方式可視病變的具體情況而定；對於直徑＜5cm的胃體、胃竇及胃底的平滑肌瘤，若腫瘤界限清楚，瘤體無壞死，瘤體部位胃黏膜無潰瘍，腹腔又無轉移者可行腫瘤局部切除，切除距離腫瘤1cm。

位於幽門、賁門部位的平滑肌瘤。當腫瘤直徑＜3cm時，可行保守的局部切除或連同部分胃壁做楔形切除。直徑＜2cm的胃平滑肌瘤，完全可以通過內鏡做內鏡下黏膜挖除術把病變切除，花費少，恢復快，創傷也小。胃平滑肌瘤小於2cm以下內鏡切除，＞2cm以上已出現出血、梗阻、惡變，可以考慮腹腔鏡下切除或者是剖腹切除。