胃間質瘤的手術方案取決於每個醫院的技術和腫瘤的大小、部位。因為胃間質瘤是惡性腫瘤，腫瘤較小時為良性腫瘤，但是無論是良性、惡性，只要手術中包膜破裂，就變成了惡性腫瘤，屬於高危患者。所以手術技術非常重要，手術中一定要保證腫瘤的完整性。

胃間質瘤可以採取開放手術和腔鏡手術兩種方案。開放手術相對安全但是損傷大，腔鏡手術損傷小但是風險性較高。經驗豐富的醫生多可以採用腔鏡技術。若經驗不夠豐富，則以保守手術為主。對於不同部位的胃間質瘤手術，要採取不同的手術方式。

如果是在胃體或胃底的腫瘤，可以採取胃部分切除。如果是在胃賁門部或者幽門部的間質瘤，需採取胃的大部切除。現在部分新的技術，如果病人的瘤體較小，是幽門部或者賁門部腫瘤，可以採取腔鏡下的ESD方法即黏膜剝除術，對患者受益更大。