胃間質瘤術後輔助治療方法應根據胃間質瘤的復發風險度分級決定。對於高危、中危、低危的患者都要採取術後輔助用藥。用藥的選擇需要根據胃間質瘤術後的基因檢測結果，需要檢測CD117等基因改變。如果沒有特殊的突變，採取的是一線治療用藥，即格列衛來作為術後的用藥，用藥時間根據風險度的分級，中危、高危，風險度越高持續吃藥的時間越高，直到復發。復發以後藥物不能控制，換二線的用藥索坦。如果索坦使用效果非常好，疾病得到控制可以繼續服用。如果出現復發或者進展，就要調藥的劑量。