先天性巨結腸術後併發症如下：

1、肛門皮膚感染，如果切除的腸管比較長，容易出現肛門糜爛、大便次數增多；

2、吻合口瘻是巨結腸早期最嚴重的併發症，可危及生命。一旦出現吻合口瘻，應及時禁食引流、抗感染治療，如果效果不佳，需及時行造瘻手術；

3、吻合口狹窄，術後2-3周需要常規肛門擴張治療，肛門周圍的吻合口容易出現瘢痕引起肛門狹窄，持續擴肛3-6個月，否則吻合口容易形成寬厚的瘢痕狹窄環；

4、術後小腸結腸炎，巨結腸根治術後發生小腸結腸炎者佔10%-18%，與腸管痙攣梗阻、細菌毒素侵蝕性腸黏膜，以及患兒免疫功能異常有關，一旦發生小腸結腸炎應急診住院治療；

5、術後腸梗阻，多為術後腸粘連所致，表現為腹脹、嘔吐、噁心，肛門停止排氣、排便，確診後需要住院治療，早期可以保守治療，保守治療效果不佳時，可行剖腹探查術；

6、汙糞、大便失禁，早期發生汙糞、大便失禁高達40%，患兒排稀便時少量糞便汙染內褲，汙糞多數為術後六個月開始好轉，一年左右基本上可以痊癒，晚期仍有少數患兒有汙糞甚至失禁；

7、便秘復發，根治術後可能有10%的患兒再次出現便秘，需外科門診複查瞭解情況，進一步確定下一步的治療方案。