手足口病在治療和處理方面，其實主要是給予對症治療，輕的一般在門診治療就可以，病情重的就需要進行住院治療。有發燒的可以物理降溫，或者選擇解熱、鎮痛的藥物處理。

重症病例如果出現了神經系統病變的表現，可以考慮給予甘露醇降顱內壓等，酌情使用丙種球蛋白及糖皮質激素，如果心肺功能不正常，往往可能需要進行機械通氣等綜合治療。針對手足口病的病毒並沒有特效的藥物進行處理，要結合實際情況進行治療。