手足口病的隔離時間依據傳染性來確定，因此要一直隔離到患者不具有傳染性為止。一旦確診手足口病，患兒應在家中隔離，直到體溫正常、皮疹消退、水皰結痂，大約需要2周，因此隔離的時間從起病開始算為2周左右。

手足口病的傳染性非常強，發病後的1周內傳染性最強。手足口病主要是通過糞-口途徑進行傳播，也可以通過呼吸道飛沫進行傳播，因此隔離期間要勤洗手，對患兒所用的物品進行徹底消毒，可採用消毒液浸泡及煮沸消毒，不能浸泡或煮沸的物品可在陽光下進行暴曬。