兒童手足口病的確診需要結合以下幾個方面來進行：

1、根據臨床症狀，患有手足口病以後就會引起兒童在手、足、口以及臀部出現皰疹，還常常會伴有發熱以及咽喉疼痛等症狀。

2、根據實驗室檢查，實驗室檢查尤其重要，比如可以給兒童檢測大便或者咽拭子中的腸道病毒核酸，如果檢測有柯薩奇病毒或者EV71病毒的核酸就可以確診是患有腸道病毒引起的手足口病，需要及時填報傳染病卡並讓兒童儘早隔離。