小兒皰疹性咽峽炎和手足口病的區別主要是以下幾點：

1、病原學稍有不同，儘管兩個都是由腸道病毒感染引起，但是小兒皰疹性咽峽炎以柯薩奇病毒病毒為主，而手足口病除了柯薩奇病毒之外，還有腸道病毒71型等20多種腸道病毒。

2、皰疹的分佈不同，皰疹性咽峽炎主要分佈在口腔咽峽部，而手足口病除了口腔之外還有手、足、臀部、膝關節等。

3、病程可能也有一定的差別，嚴重程度也有所不同，一般的皰疹性咽峽炎病情相對較輕，病程直接大概在1周左右，而手足口病儘管大部分病情都很輕，但是有少部分也非常嚴重，可能會引起心肺功能衰竭、顱內病變，風險和預後都比皰疹性咽峽炎大。