手足口病患者的化驗單，有一部分與其他發熱性疾病的化驗單是一樣的，主要是血常規、肝腎功能、心肌酶、C-反應蛋白等項目，主要用來評價身體這一方面有沒有明顯的異常。如果看見哪些方面異常，則說明有哪些方面的損傷。

比如，谷丙轉氨酶明顯升高，說明有肝臟的炎症，肝臟的細胞出現明顯的損傷；心肌酶譜出現明顯的升高，並且是肌酸激酶的同工酶，說明心肌有相關的損傷。如果血常規中的白細胞計數明顯的升高，達到15單位或者20單位，說明手足口病可能比較重。

另一方面是看手足口病的C-反應蛋白，如果C-反應蛋白的數值特別高，不僅超過10單位，有可能達到30單位、50單位以上，說明手足口病的症狀應該是比較重一些。出現血糖增高，也是提示重症的一個標準。

對於手足口病還應該看它的病原體，可以檢查柯薩奇病毒16型的抗體、腸道病毒71型的抗體。如果哪一個檢查是陽性，說明是哪一種病毒的感染。對於腸道病毒71型出現的感染，出現重症和神經系統併發症的概率要更大一些。