造成小兒麻痺症肌肉萎縮的原因，是由於神經源性的肌營養不良造成的，神經可以具有營養肌肉的作用。

如果兒童感染了小兒麻痺症，會引起運動神經的損傷，造成神經源性的營養不良。這種情況下肌肉的萎縮很難處理，主要通過早期的針灸、按摩等方法得到一定程度的改善。

但是絕大多數兒童都會出現一側肢體的肌肉萎縮，引起兩側下肢的肌肉不對稱，影響兒童的運動行動，所以小兒麻痺症以預防為主，目前可以給兒童及時應用脊髓灰質炎疫苗。