臨床認為新生兒肺炎並無後遺症之說，因多數患者經及時治療均可治癒。但若為重度肺炎，較易合併呼吸衰竭、循環衰竭、敗血症、休克、DIC以及腦膜炎等併發症。其中，呼吸衰竭患兒表現為呼吸急促、呼吸困難、口吐泡沫等，呼吸頻率增快至60次/分以上；循環衰竭則表現為心衰，通常會造成患兒呼吸急促、面色發灰、心率增快至60-180次/分以上；敗血症的表現為發熱、黃疸加重或退而復始，肝脾腫大、皮膚花紋等症狀；腦膜炎的症狀，表現為昏迷、嘔吐、頻繁抽搐等。