新生兒黃疸的危害取決於黃疸程度與病因，如果黃疸高，比如免疫因素、ABO溶血或者Rh溶血導致的黃疸，在黃疸發生階段，會造成嚴重的貧血症狀。如果黃疸指數較高，在18-20mg/dL以上，且不及時治療，會導致膽紅素腦病引起驚厥、腦細胞受損、發育不良症狀，形成腦部損傷，伴有手足抽動以及聽力、視力、牙釉質發育障礙等。

黃疸高除了對這些重要臟器的影響，還會出現皮膚損傷，如皮膚瘙癢、皮疹等。如果膽道系統發育異常，膽紅素會持續升高，造成心臟、肝臟損傷及對皮膚損傷、腦神經系統損傷。