超聲引導下消融技術近年發展較好，應用也比較多，副作用分為短期副作用和長期副作用。短期即術後即刻副作用，與肌瘤的大小、部位有關，具體如下：

1、短期副作用：如果肌瘤比較大，消融範圍較大，可能機體吸收會導致短期低熱，對症處理即可。如果肌瘤靠近子宮漿膜面，可能靠近腸管，則肌瘤熱量可能損傷腸管，術中會做一些人工腹水進行保護，併發症發生率也可以降到很低。當肌瘤靠近子宮腔靠近裡面時，可能對子宮內膜造成損傷，需向宮腔裡注入冰生理鹽水，起到保護內膜的作用。當肌瘤較大，靠近宮腔時，消融後可能壞死物較多，短期內可能有陰道排液，壞死物經陰道排出，一般用抗生素處理即可；

2、長期副作用：消融手術只針對肌瘤，並不會對卵巢動脈或卵巢本身進行熱損傷，故對卵巢功能沒有影響。目前研究結果顯示，對於原來由於肌瘤較大無法受孕的患者，消融術後受孕概率會進一步增加。雖然上述證據不多，但現有證據並未提示消融會導致無法受孕。