新生兒低血糖的危害非常大，是必須及時、快速糾正疾病。新生兒低血糖容易造成嚴重的後遺症，會造成大腦的損傷。低血糖腦損傷往往非常嚴重，會造成智力低下、頻繁抽搐、運動落後。大腦是唯一一個通過糖代謝來提供能量的器官，其它臟器，比如心臟、肝臟、腎臟、肌肉，除了可以代謝糖之外，還可以代謝蛋白質，使蛋白質轉成糖，然後再提供能量。大腦沒有這個功能，只能通過糖來提供能量。

如果低血糖，就會造成大腦沒有能量，大腦細胞就會壞死，就會留有後遺症，對智力、運動、發育造成影響。所以低血糖的後遺症是非常嚴重的，尤其是持續較長時間的低血糖，會造成嚴重的神經系統後遺症。