通常情況下，丹鱉膠囊對於某些類型的卵巢囊腫有治療作用。丹鱉膠囊具有活血化瘀、軟堅散結的作用，對於炎症性的卵巢囊腫可以促進炎症吸收，甚至部分患者服用幾個療程後，可達到卵巢囊腫縮小，甚至消失的效果。而部分類型的卵巢囊腫，可能服用丹鱉膠囊的效果並不明顯，如巧克力囊腫。

巧克力囊腫其實是子宮內膜異位症所形成，異位的子宮內膜跑到卵巢附近，隨每次月經週期的子宮內膜脫落，異位的子宮內膜同樣也會出血，久而久之在卵巢附近便會形成血腫，由於其顏色類似巧克力，因此被稱為巧克力囊腫。此類患者服用丹鱉膠囊，可以改善痛經，或月經過多的症狀，但想消除囊腫比較困難。