導致鱗狀細胞癌的原因還沒有完全搞清楚，就目前的研究來說大致有以下幾個原因：

1、遺傳因素，幾乎所有惡性腫瘤都跟遺傳背景有關，其證據就是如果直系親屬中有鱗狀細胞癌的患者，他罹患鱗癌的概率明顯高於沒有患鱗癌親屬的人，而科學家也發現了與鱗癌發生有關的基因，正在進行深入研究。

2、慢性炎症，慢性炎症可導致癌症發生，這已經是腫瘤專家們的共識。慢性食管炎患者發生食管鱗癌的幾率明顯增高，長期抽菸可導致慢性肺炎，從而引起肺鱗癌，慢性炎症的刺激也是通過改變正常細胞基因的功能而導致鱗狀上皮細胞發生癌變。

3、病毒感染，病毒感染人體後會改變人體的基因功能，導致鱗狀上皮細胞發生癌變。最明顯的例子是子宮頸鱗狀細胞癌，該鱗癌的發生與人乳頭瘤病毒感染密切相關，感染該病毒的人群發生子宮頸癌的概率明顯高於無感染者，預防病毒感染的疫苗可以減少癌症發生率。

4、其他因素，包括化學藥物、電離輻射等在內的物理和化學因素都會引起鱗癌的發生。