巧克力囊腫即巧克力卵巢囊腫。艾灸可以輔助改善巧克力卵巢囊腫出現的不良症狀，但無法明確治療巧克力卵巢囊腫的作用。巧克力卵巢囊腫是子宮內膜異位症的一種表現，子宮內膜如果沒有較好地待在子宮腔內，反而跑到卵巢附近，隨著每一次的子宮內膜週期性脫落、出血，經過一定的時間，會在卵巢附近形成巧克力顏色的囊腫，因此得名巧克力卵巢囊腫。

巧克力卵巢囊腫容易造成漸進性的嚴重痛經，以及月經量過多、月經期延長等月經失調的狀況。艾灸通過溫經散寒、活血化瘀的功效，可以輔助改善月經失調的症狀，但目前並沒有證據顯示，艾灸能夠使巧克力卵巢囊腫縮小，甚至是消除，因此在巧克力卵巢囊腫的治療中，艾灸談不上能夠治療巧克力卵巢囊腫。