生理性卵巢囊腫通常會反覆出現，在臨床上患者發現卵巢囊腫，如果囊腫較小，此時考慮生理性囊腫的可能性較大，會讓患者進行臨床觀察，暫不進行藥物處理。經過2-3個月或較長時間觀察後再複查，此囊腫會明顯變小，甚至消失。患者經過一段時間，例如經過1個月或幾年，又會發現卵巢生理性囊腫，此種在臨床上並不特別少見，無需特別恐慌，通常沒有關係。

卵巢生理性囊腫是自然的生理過程，對身體無傷害，更不會威脅生命。因此若患者發現生理性囊腫，定期複查即可，無需著急，到處就醫或尋找治療辦法，此種情況通常在臨床上不做任何處理，能夠自然消退。