多數情況下，卵巢囊腫不會使患者出現明顯症狀。但在個別情況下，卵巢囊腫會使患者產生腹痛、腹脹等明顯的不適反應。當卵巢囊腫併發蒂扭轉，甚至卵巢囊腫破裂的情況時，會使患者產生急性腹痛、腹脹，甚至腰部墜痛感，伴發噁心、嘔吐等不適反應。

其次如果卵巢囊腫是炎性腫物，有卵巢及輸卵管卵巢膿腫，在其急性發炎期，會引起患者的急性腹痛、腹脹甚至發熱，胃腸道不適的症狀。如果卵巢囊腫，是惡性卵巢腫瘤時，在晚期浸潤生長，累及神經，也會出現局部盆腔痛的表現。

因此卵巢囊腫是否疼痛，要根據疾病類型判斷，例如卵巢囊腫發生蒂扭轉破裂時，甚至卵巢囊腫為炎性，輸卵管卵巢積膿急性期時，均可能會使患者出現明顯的腹痛，甚至伴發發熱等臨床不適症狀。