如果卵巢囊腫排除卵巢的瘤樣病變，則需要手術，通常卵巢瘤樣病變較小，在5cm以下，這也是區別因素。卵巢瘤樣病變不需要手術，主要有卵巢的黃體囊腫和濾泡囊腫，這種囊腫經過臨床短期觀察，通常觀察2-4個月，會自然消退，無需處理。

對於新生的卵巢囊腫需要手術，因為在囊腫較小時，即囊腫大小不到5cm，只是2-4cm時，卵巢瘤樣病變較多，不易區分。對於<5cm的卵巢囊腫，暫且考慮不做手術。但是囊腫如果在5cm以上，通常需要手術處理，因為多數囊腫是卵巢新生的卵巢腫瘤，而非卵巢的瘤樣病變。