多囊卵巢囊腫和單房卵巢囊腫，症狀上並無太大區別，早期時並無明顯症狀，長大後才出現相應症狀。臨床上由於卵巢囊腫並無症狀，因此在臨床上的發現通常是進行婦科檢查時，或患者存在其他疾病就診時才發現。當囊腫長到一定大小時，可能會引起相應的症狀，如出現下腹輕微不適或隱痛，還會引起壓迫症狀。

若壓迫膀胱，會出現尿頻和尿急症狀，若壓迫直腸可能引起便秘。囊腫過大充滿盆腔、腹腔時，患者可能出現憋氣、心悸以及腹脹滿的感覺。但症狀只有在囊腫較大時才會出現，因此無論是單房囊腫，還是多房囊腫，早期都無明顯症狀。