卵巢囊腫大小和腫瘤良惡性沒有相關性，卵巢囊腫超過5cm，臨床醫生需要做探查手術。如果患者絕經後出現卵巢囊腫，無論大小，都建議做手術探查。卵巢囊腫是否是惡性，取決於B超檢查下是否看到卵巢囊腫中的乳頭結構，以及腫瘤標誌物是否升高。如果有這些提示，以及手術探查指徵，只有在顯微鏡下看到惡性證據，才能證明其為惡性。

如果只是單純性的囊液、良性腫瘤，或者單純性、生理性囊腫，可以進行復查。對於育齡期女性，每週期都有月經來潮，在排卵前卵泡可以長大，排卵以後會形成黃體，這些生理性囊腫也會長大。如果為單純性囊腫，月經第5天可以複查，生理性囊腫會消失。