甲基丙二酸血癥預後與治療是否及時有關，如果早期治療，長大後可生活自理，甚至可到正常成人水平。如果治療較晚，可出現明顯智力、語言等發育落後，生活通常無法自理。

甲基丙二酸血癥又稱為甲基丙二酸尿症，為基因缺陷引起酶功能異常，造成神經系統損傷的疾病。如果甲基丙二酸血癥治療較及時，如新生兒期即發現，通過限制飲食或進食特殊配方奶粉，並給予維生素B12治療，使甲基丙二酸在體內蓄積水平很低，對神經系統危害也會降低，部分孩子可接近於正常或達到正常發育水平。如果患者診斷較晚，已造成明顯神經系統損害，可出現後遺症，包括腦癱、智力低下、反覆癲癇發作。