卵巢囊腫穿刺一般在B超引導下進行，可產生一定疼痛，若患者對疼痛特別敏感，可用鎮痛藥物，如安定、杜冷丁等緩解。

臨床上對於卵巢功能低下或內分泌失調導致不能正常排卵的患者，可通過藥物促進排卵。若卵泡成熟後未自然破裂，可借用排卵針促進卵泡破裂。此時卵泡仍未破裂，可導致生理性卵巢囊腫，此類囊腫對患者基本無影響，但若囊腫持續存在或半年以上未自行消失，需採用卵巢囊腫穿刺使囊腫消失。

生理性囊腫可通過B超監測變化，若囊腫在3個月或者4個月自然消失，一般無需處理。若半年以上未自行消失或逐漸變大，可採用卵巢囊腫穿刺治療，使囊腫消失。卵巢囊腫本身為生理性，一般對健康沒有影響。