卵巢囊腫對卵子的生成通常沒有影響，但也需根據不同類型的囊腫分析。隨著卵巢囊腫的長大，對正常卵巢組織進行侵蝕，可能殘餘卵巢、正常卵巢越來越少，甚至在卵巢囊腫做完手術後，剩餘卵巢僅剩一層卵巢皮，導致卵巢功能有可能下降，若發現不應該拖延，有手術指徵的患者及時手術，避免卵巢囊腫長得過大，對正常的卵巢組織破壞嚴重，影響卵巢功能。

如果是卵巢巧克力囊腫，可能侵蝕正常卵巢組織，影響局部炎症環境，導致卵巢功能下降。尤其是有時可能發生雙側卵巢巧克力囊腫，在做手術時，不可避免會帶下來正常卵巢組織，導致卵巢功能會進一步受到破壞，發現以後，患者可以先嚐試藥物治療，必要時手術治療，術後繼續用藥，防止復發。