卵巢囊腫對妊娠的影響，主要由囊腫性質、大小決定。如果是巧克力囊腫，即子宮內膜異位囊腫，可能會對妊娠造成影響。此外惡性囊腫需及時予以徹底的手術，也會影響妊娠，而體積較小的良性囊腫對妊娠的影響較小。

部分生理性囊腫或者單純性囊腫，無需在手術以後再去懷孕，可在囊腫狀態下懷孕，不會出現明顯異常。孕期發現良性卵巢囊腫且體積較小，也可暫時不做處理，分娩後再考慮是否行手術治療。