巧克力囊腫和卵巢囊腫的區別如下：

1、巧克力囊腫：指子宮內膜異位囊腫，正常的子宮內膜生長在子宮腔內，由於某一些機制導致它種植到子宮腔以外的部位，發生子宮內膜異位症，常見的種植部位是卵巢。當子宮內膜種植到卵巢的時候，會發生週期性增生、脫落，月經來潮前囊腫有出血，形成巧克力囊腫，屬於病理性的囊腫，需要進行手術解決；

2、卵巢囊腫：包含類型比較多，有生理性卵巢囊腫、病理性卵巢囊腫。正常情況下，卵巢每個月排一個卵，排完卵後形成黃體，黃體組織萎縮，黃體萎縮過程中形成一個較小的囊性病變，稱為生理性囊腫。在月經來潮以後，可以減小或消失。病理性囊腫有持續存在的囊腫，有良性囊腫，比如漿液性或黏液性囊腺瘤。也有惡性囊腫或者皮樣囊腫，巧克力囊腫屬於卵巢囊腫的一種，但不等同於卵巢囊腫。