顱底脊索瘤平均壽命大約為6.3年左右，如果患者不進行任何治療，平均壽命大約半年到2年之間，因此，對於顱底脊索瘤的患者需要早期進行醫學干預。因為脊索瘤預後不是太好，早期通過積極合理的治療可以提高生存率。

目前對於脊索瘤主張手術切除，加放射治療為主，對於進行過手術和放療的病人，如果手術切除不徹底，5年內複發率可以高達100%。如果手術切除徹底，複發率仍可以高達80%。所以，對於脊索瘤手術之後的病人，一定需要強調定期隨訪，可以早期發現存在的復發病變，早期再次進行醫學干預，提高患者的生存率。