通常十二指腸潰瘍的患者，癌變較為罕見。如果十二指腸潰瘍給予規範診斷、規範治療，通常90%以上的患者可以達到症狀緩解、黏膜癒合，所以通常無需擔心十二指腸潰瘍癌變。由於十二指腸屬於小腸，而小腸環境決定其癌變概率較小。

但是如果是胃潰瘍，則需要鑑別情況，即部分患者在胃潰瘍基礎上隱含胃癌。所以十二指腸潰瘍的患者，通常給予規範治療，包括抑制胃酸，如質子泵抑制劑，配合黏膜保護劑。如果存在幽門螺桿菌感染，給予規範四聯療法，大部分患者均可以癒合。