十二指腸潰瘍最有價值且最直接的檢查是胃鏡，醫生將胃鏡經由患者口腔伸入食管，然後繼續向下伸入胃腔直至十二腸，若患者十二腸有潰瘍表現、存在炎症或有其他方面症狀，均可通過胃鏡初步觀察到內裡情況。胃鏡是與人體手指粗細、大小相似的軟鏡，前方設有攝像頭和部分管腔，以幫助醫生將較為精細的器械伸入其中。

若通過胃鏡發現十二腸腔內存在潰瘍面，則基本可以判斷為潰瘍，無需採取病理檢查便可基本確定為十二腸潰瘍。但如果發現患者十二腸內長有新生物，此時可通過胃鏡上較細的管腔伸入活檢鉗等精密儀器，將病理組織取出並判斷其良惡性、潰瘍或炎症與否。因此，如果懷疑患者胃部或十二腸存在問題，可首先通過胃鏡方式進行初篩檢查。