自閉症常有注意力不集中、活動過多、動作刻板古怪等臨床表現，因此也常會誤認為是多動症。多動症和自閉症之間差別比較明顯，自閉症發病率遠低於多動症，在千名兒童當中，發病也不過只有2-3個，而且男性比女性多，症狀顯現相對比較早。自閉症患兒從小與父母之間沒有明顯親近表現，缺乏情感交往，喜歡獨處，不合群，言語也比較少，對部分非生物東西有著特殊依戀。患兒在語言相對較呆板，吐字不清，甚至不會說話，動作刻板離奇，而且經常會反覆重複動作，比如嘴巴抽動、聳肩等，對外界刺激也比較麻木，一般不聽勸說，上述特徵和多動症也有著較大區別。

自閉症患兒智力明顯低下，而多動症兒童智力基本上正常或者稍微偏低。治療方面，一般多動症兒童選擇多動症藥物，治療後症狀會有得到明顯改善，而自閉症兒童選用多動症藥物無效，這一點也可以用於兩者鑑別。自閉症可能會發展為嚴重精神障礙，類似精神分裂症，而多動症兒童雖然可能合併部分精神方面異常，但一般不會發展到精神分裂症的嚴重程度。