黴菌性陰道炎現稱為外陰陰道假絲念珠菌病，通常複方甲硝唑栓不可以治療外陰陰道假絲念珠菌病，甚至可能導致外陰陰道假絲念珠菌病病情加重。外陰陰道假絲念珠菌病是由於白色念珠菌，感染外陰陰道所導致的局部炎症，主要症狀是豆渣樣白帶、分泌物增多、外陰瘙癢，甚至劇烈難忍影響睡眠。臨床針對其治療需要使用抗真菌藥物，如局部使用克黴唑，或口服氟康唑、伊曲康唑等。

外陰陰道假絲念珠菌病其中的原因，可能是血糖高，或使用抗生素導致局部菌群失調。而複方甲硝唑栓其中含有的甲硝唑，便屬於抗生素，不僅無法治療真菌，甚至還可能進一步加重外陰陰道假絲念珠菌病已經存在的菌群失調，即進一步殺死局部正常的菌群，如乳酸桿菌，因此不建議使用複方甲硝唑栓來治療外陰陰道假絲念珠菌病，而是應該使用抗真菌的藥物進行治療。