在臨床中，目前尚已明確與黃疸相關的基因多達160餘種，要準確診斷母乳性黃疸，就必須先排除所有可能導致黃疸的病理性因素。通常醫生會根據個人的臨床經驗，結合診斷性治療得出結論。
在判斷母乳性黃疸之前，首先要確定寶寶的基本狀態，即是否為“五好”寶寶，即吃得好、睡得好、長得好、玩得好、拉得好，並且為純母乳餵養。另外，通過臨床常規檢查後可排除常見疾病，比如感染、肝膽疾病、蠶豆病、溶血等因素，此時醫生會高度懷疑是母乳性黃疸。首先會建議家長堅持1周以上的混合性餵養，即每天加1-2次牛奶，或者試著停止母乳3-5天，如果膽紅素明顯下降就可以考慮為母乳性黃疸。由於母乳是寶寶最好的食物來源，當膽紅素下降到標準數值的一半以上後，建議家長恢復母乳餵養。