乳酸菌陰道膠囊可以用於黴菌性陰道炎的治療，但僅為治療黴菌性陰道炎的輔助性用藥，從藥理學而言，通常醫生不會單純應用乳酸菌陰道膠囊治療黴菌性陰道炎，或者作為黴菌性陰道炎治療中的首選用藥。黴菌性陰道炎治療的首選用藥之所以不會是乳酸菌陰道膠囊，是因為有其它藥物選擇可以治療黴菌性陰道炎，治療真菌感染。黴菌性陰道炎實際上是外陰陰道假絲酵母菌病感染導致，之前又稱為念珠菌性陰道炎，屬於一種真菌感染，因此女性在有真菌感染導致的陰道炎時，可以通過抗擊真菌治療更加直接、顯效更快。

患者通常可以選擇的藥物包括制黴菌素栓、克黴唑陰道片、達克寧栓等，多數通過陰道給藥，陰道放藥困難的女性也可以給予全身口服用藥，如氟康唑等藥物，通常能夠殺滅真菌，獲得比較滿意的療效。黴菌性陰道炎的發生，多是因為陰道內的菌群失衡，而陰道內佔有優勢的菌種應該是乳酸桿菌，可輔助加用乳酸菌，恢復陰道內的微生態平衡，減輕真菌感染髮病的嚴重程度，並預防後續的再次發作。乳酸菌陰道膠囊常作為輔助用藥治療黴菌性陰道炎，並不是主要用藥，單一應用乳酸菌陰道膠囊可能效果欠佳。