嬰兒後腦勺凹陷的原因一般分為三個方面，第一個方面是後囟門閉合延遲，可能與缺鈣或缺乏維生素A、D有關。

第二個方面是與外傷有關，外傷有時候會引起後顱窩、後枕的凹陷，外傷導致的凹陷，一般通過頭顱CT都可以排除。

還有一方面是病理性的顱內低壓引起的凹陷，這種凹陷需要通過一些檢查來給予鑑別。

後囟門閉合延遲一般不需要處理，可補鈣，一般後囟在半歲左右即可閉合。外傷引起的後腦勺凹陷需神經外科進行處理；大腦發育遲緩，病理性改變引起的凹陷，需嚴密觀察，根據情況做保守治療以及手術治療。